Nörogörüntülemede Mühendislerin Rolü 2: Veri Bulmak

Yeditepe Üniversitesi'nden Gülçiçek Dere NöroBlog için yazdı.

Nörogörüntüleme alanında çalışan mühendislerin çalıştıkları konulardan biri olan görüntü analizinden önceki yazımda bahsetmiştim. Görüntü analizi için görüntüye, yani veriye erişim önemli. Toplanan görüntüler üzerinde çalışmak için alınması gereken etik kurul onayları ve görüntü toplanması için geçen süreyi hesaba katarsak, istatistiksel anlamlılığı sağlayabilmek için geçen süreç fazlasıyla meşakkatli oluyor.

Özellikle yapay zeka (ya da derin öğrenme) çalışıyorsak sistemimizi eğitebilmemiz için gerekli veri, erişebileceğimizin üzerinde kalabilir.

Peki Nerden Veri Elde Edebiliriz?

Sağlık alanında veriye erişim o kadar da kolay değil. Fakat internetten bile erişebileceğiniz veri setleri mevcut. Nörogörüntüleme için erişilebilir veri sağlayan sitelerden biri: Loni Image Data Archive (IDA). Loni’deki veri, hastaların beyinlerinden alınan görüntüleri (CT, PETCT, MRI, dMRI, fMRI vs.) ve klinik bulgularını kapsıyor.

Loni Image Data Archive

Görüntülerin yanı sıra o görüntülerin hangi hastalıktan (Örneğin Alzheimer, Parkinson), hangi yaş grubundan ya da cinsiyetten alındığı gibi istatiksel verilere de erişebiliyorsunuz. E-mail adresiniz ve belirleyeceğiniz bir parola ile siteye üye olduktan sonra site içerisinde yer alan çalışmaları görebiliyorsunuz. Verisini kullanmak istediğiniz çalışma için, o veriyi ne amaçla kullanacağınız bilgisini de içeren bir form doldurarak talep oluşturuyorsunuz.

Oluşturduğunuz talep doğrultusunda belirli bir süre sonra onayınız geliyor ve o çalışmanın verisini kullanabiliyorsunuz. Onayını istediğiniz çalışmaya göre bir kaç gün ya da bir kaç ay sürebilir. Onayı aldıktan sonra o topluluğun belirlediği süre zarfı boyunca verilerini (yani görüntülerini) kullanabiliyorsunuz.

Sonraki yazıda bulduğumuz verilerle neler yapabileceğimiz üzerine konuşacağız.

Yazan: Gülçiçek Dere
Düzenleyen: Meriç Öztürk

NöroBlog’u Patreon üzerinden desteklemek için: patreon.com/NoroBlog

Anasayfamızdan daha fazla sinirbilim yazısına ulaşabilir, podcast ve videolarımıza erişebilirsiniz.